NCycDB 是一个手动管理的综合数据库，用于从鸟枪法宏基因组测序数据中快速准确地分析 N 循环基因（亚）家族。 NCycDB 总共包含 68 个基因（亚）家族，涵盖 8 个 N 循环过程，分别具有 95% 和 100% 一致性阈值的 84 759 和 219 146 个代表性序列。
分泌蛋白是指在细胞内合成后，分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白的N端有一般由15～30 个氨基酸组成的信号肽。信号肽是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短（长度5-30个氨基酸）肽链。常指新合成多肽链中用于指导蛋白质的跨膜转移（定位）的N-末端的氨基酸序列（有时不一定在N端）。使用SignalP注释蛋白序列是否含有信号肽结构，使用TMHMM注释蛋白序列是否含有跨膜结构，最终筛选出含有信号肽结构并且不含跨膜结构的蛋白为分泌蛋白。
III 型分泌系统 (Type III secretion system，T3SS) 主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径，T3SS效应蛋白 (Type III secretion system Effector protein) 与革兰氏阴性致病菌致病机理有关。通常用软件EffectiveT3 预测T3SS，通过其内部特定的计算模型对每条氨基酸序列进行评分，分值越高，可信度越高，选出评分高于阈值的序列，认为这些序列为III 型分泌系统效应蛋白。
介绍如何使用islandpath软件预测原核生物的基因岛。
CAZy 全称为Carbohydrate-Active enZYmes Database，碳水化合物酶相关的专业数据库，内容包括能催化碳水化合物降解、修饰、以及生物合成的相关酶系家族。其包含五个主要分类：糖苷水解酶（Glycoside Hydrolases, GHs）、糖基转移酶（GlycosylTransferases, GTs）、多糖裂解酶（Polysaccharide Lyases, PLs）、糖酯酶（Carbohydrate Esterases, CEs）和氧化还原酶（Auxiliary Activities, AAs）。此外，还包含与碳水化合物结合结构域（Carbohydrate-Binding Modules， CBMs）。五大分类和一个结构域下，都分别建立了多个Family。
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本文介绍了如何为软件添加 Bioconda recipe，以便可以通过 conda 安装自己的软件。
为了方便广大中文用户学习 PGCGAP 的使用，特意书写该中文文档，但中文文档更新较慢，强烈建议大家阅读英文文档！
