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2023-04-17 用metid构建代谢组数据库 代谢组学生信软件 生物信息 安装metid包能够用于in-house代谢物库构建,并可利用MS2 spectra进行代谢物鉴定。metid自带数据库,来自于公共数据库的整合。 1234if(!require(remotes)){install.package
2023-02-06 使用xcms3处理和分析LC-MS数据 代谢组生信软件 生物信息 介绍本文档描述了xcms(version>=3)的LCMS实验的数据导入、探索、预处理和分析。示例和基本工作流程改编自Colin A.Smith的原始LC/MS预处理和分析。 新版本使用XCMSnExpe对象(而不
2023-02-02 代谢组相关软件的安装及使用 代谢组生信软件 生物信息 软件安装MZconvert下载ProteoWizard项目下的Linux native 64-bit,上传至服务器并解压缩 (会将所有文件解压至当前目录,建议提前单独建一个目录),解压后的文件即为可执行程序,需将该目录写入环境变量。 1ta
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2022-02-26 Nanopore基因组组装 WGS生信软件 生物信息 安装软件123456789mamba install miniasm minipolish raven-assembler flye medaka python=3.8 fastp bwa masurca trycyclergit clon
2022-02-26 使用eggNOG-mapper注释基因组 Functional genomicsWGS生信软件 生物信息 EggNOG-mapper简介(本文未完待续…)EggNOG-mapper (a.k.a. emapper.py or just emapper) is a tool for fast functional annotation of no
2022-01-07 使用DeepARG预测抗生素抗性基因ARGs ARGs生信软件 生物信息 介绍DeepARG 是一种机器学习解决方案,它使用深度学习来表征和注释宏基因组中的抗生素抗性基因。它由两种输入模型组成:短序列Reads和gene-like序列。 安装软件 通过conda安装 12345678910111213141
2022-01-03 计算蛋白质等电点并绘制全局pI图 WGS生信软件蛋白质组 生物信息 蛋白质组的全局 pIs细胞全局蛋白质组 pI 图的变化取决于氨基酸的总电荷,并对蛋白质的结构和特性具有重要意义。 普遍认为原核基因组具有两个最大的双峰形状,一个在酸性pH值下主要对应于溶解的蛋白质(细胞质蛋白或分泌蛋白),另一种在膜蛋白的碱
2021-12-10 利用GTDB-TK对细菌和古菌基因组进行物种分类 WGS生信软件 生物信息 GTDB-Tk 是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类 GTDBGenome Database Taxonomy GTDB 为细菌和古菌基因组分配客观分类学分类assigning objective taxonomic classifi