2021-11-26R语言绘制分组条形图R语言SY179绘图 可视化当我们要对一个多行多列的数据进行可视化的时候,分组条形图是一种不错的选择。 输入文件样式 本例中数据内容如下图所示,将其保存在名为 CAZy.Category.Matrix.txt 的文件中。 绘图代码 在 Rstudio 中运行如
2021-11-25利用NCycDB数据库从宏基因组中预测氮循环基因Functional genomicsSY179宏基因组生信软件 生物信息氮(N)循环是地球生态系统中重要的生物地球化学途径的集合,在生态学和环境研究中得到了广泛的关注。目前,鸟枪法宏基因组测序Shotgun metagenome sequencing已被广泛应用于探索负责 N 循环过程的基因家族。NCycDB
2021-10-14SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白Functional genomicsSY179WGS生信软件 生物信息Subtitle: Predict Secretory Protein in microbes with SignalP and TMHMM 分泌蛋白Secretory Protein是指在细胞内合成后,分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白
2021-10-13使用EffectiveT3预测微生物中的III型分泌系统效应蛋白Functional genomicsSY179T3SSWGS生信软件 生物信息III 型分泌系统 (Type III secretion system,T3SS) 主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径,T3SS 效应蛋白 (Type III secretion system Effector prote
2021-09-30CAZy碳水化合物活性酶预测CAZyFunctional genomicsSY179 生物信息CAZy 数据库简介 CAZy 全称为 Carbohydrate-Active enZYmes Database,碳水化合物酶相关的专业数据库,内容包括能催化碳水化合物降解、修饰、以及生物合成的相关酶系家族。其包含五个主要分类:糖苷水解酶
2021-09-29构建样本vs基因矩阵SY179perl编程 生物信息承接上一篇文章 Swissprot 数据库的本地化与序列比对。 应用场景 分别预测了多个样本 / 基因组中某些基因的存在与否即数量,需要将这些样本 / 基因组中的基因数量情况合并在一起构建矩阵,此时,手动是非常困难和无趣的。又该请出 Pe
2021-09-28Swissprot数据库的本地化与序列比对并与其他数据库快速mappingFunctional genomicsSY179生信软件 生物信息数据库下载与构建 下载 wget https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fa
2021-09-27扩增子系之绘制物种分类堆叠图R语言SY179扩增子 可视化为何要手绘堆叠图? QIIME2 虽然可以生成堆叠图,然而图片只能在网页上查看,无法下载。此外,QIIME2 的图有几分丑,且不可个性化修改,因此,手绘最靠谱。手绘当然不是用手画,而是用手敲代码。 输入文件 各级别的物种分布文件,可以直
2021-09-15扩增子可视化专题R语言SY179扩增子 可视化扩增子分析较常用的软件是 QIIME2,然而其生成的图并不美观,且无法下载,是不可能够达到发表要求的,因此需要我们通过其他方法将 QIIME2 生成的数据结果进行可视化。本文将记录相关的分析方法和示例。 准备数据 特征表(Feature