寻找同源蛋白家族用的比较多的是 Orthomcl，但是该软件多年前已经停止更新，且使用的时候需要安装和使用 MySQL，操作起来比较繁琐。因此 OrthoFinder 应运而生，并且更新到版本 2。后者不但可以寻找同源家族，并且可以构建基因家族进化树。