Shiny从入门到入定——16-Escaping the graph

本文介绍了如何为软件添加Bioconda recipe，以便可以通过conda安装自己的软件。

注：本文适用于非 Bioconda 成员

Step0：软件开发与GitHub操作

(1) 将开发完成的软件上传到GitHub
(2) 在本地软件目录下创建tag

$git tag v1.0.0 -m 'first version'

(3) 上传到GitHub

$git push origin v1.0.0

注：如果需要删除有bug的tag：

$git tag -d tagname

$git push origin :refs/tags/tagname

(4) 存档tag(非必需)

$git archive -v --format=tar v1.0.0 > v1.0.0.tar.gz

(5) 计算压缩包的"sha256"以供bioconda校验

$sha256sum v1.0.0.tar.gz

Step1：fork bioconda-recipes

(1)进入 bio-conda GitHub页；

(2)点击右上角的 “Fork”；
(3)操作完成后在用户自己的 GitHub 内得到了一份 “/bioconda-recipes”，我的用户名为 “liaochenlanruo”，因此我得到的是 “liaochenlanruo/bioconda-recipes”。
Step2：将项目克隆到本地

$git clone https://github.com/liaochenlanruo/bioconda-recipes.git

Step3: Then add the main bioconda-recipes repo as an upstream remote to more easily update your branch with the upstream master branch:

$cd bioconda-recipes
$git remote add upstream https://github.com/bioconda/bioconda-recipes.git

Step4：更新 repo

$git checkout master
$git pull upstream master
$git push origin master

Step5：写自己的 recipe
例如，创建并切换到一个名字为 “pgcgap” 的 新分支

$git checkout -b pgcgap

在”bioconda-recipes/recipes/“目录下新建”pgcgap”目录，并将撰写好的build.sh和meta.yaml存入其中。

注：Step6和Step7可以跳过
Step6：本地测试 recipe （可选，即可以直接在线测试）
在"bioconda-recipes/"目录下依次运行如下命令：

$./bootstrap.py /tmp/miniconda
$source ~/.config/bioconda/activate

# optional linting
$bioconda-utils lint recipes config.yml --git-range master

# build and test
$bioconda-utils build recipes config.yml --docker --mulled-test --git-range master

Step7：更新 recipes (可选）

$bioconda-utils update-pinning recipes/ config.yml --packages pgcgap --create-pr

Step8：推送修改，等待测试通过，提交 pull 请求
(1) 将本地更改同步到自己的pgcgap分枝

$git push -u origin pgcgap

(2) 在“liaochenlanruo/bioconda-recipes”的“pgcgap”分支下点击“New pull request”。base repository选择“liaochenlanruo/bioconda-recipes”，base选择“pgcgap”；head repository选择“bioconda/bioconda-recipes”，compare 选择”master”。

Create a new pull request

比较完成后提交，标题自定义，内容根据提示酌情填写。若存在问题可以 @其核心团队成员中的任何一位，如输入“@epruesse”，将会 @ Elmar Pruesse。若想成为bioconda成员，以及要merge自己的分支，同样需要@核心成员中的任何一位。

实例：

Request 信息填写
上述步骤完成后，可以在GitHub项目下的“Pull requests”选项卡下查看处理状态。

查看pull request
根据提示修改自己的recipe，再次pull，循环往复，直至修复所有错误（下图表示需要修改）。

pull出错了
点击“details”可以查看进程和详细信息。下图所示，正在测试recipe。

正在测试recipe
如下图所示，表明测试成功，等待管理员合并自己的分支。

所有测试均成功

非Bioconda成员测试成功后的“Pull requests”界面

Bioconda成员测试成功后的“Pull requests”界面
如上两图分别为非bioconda成员以及bioconda成员测试通过的界面，非成员需要新建一条评论并 @一位核心成员，请求其merge自己的pull requests，bioconda成员则可以点击“Squash and merge”来合并自己的pull requests。

Bioconda成员“Pull requests”合并成功
## 附： 1. 加入bioconda

1）在第一个recipe推送成功后可以在评论中 @ 一位核心成员，要求加入组织
2）收到邀请链接，点击加入

被邀请加入Bioconda
## 常见错误 1. If linting fails：

git checkout master
git pull upstream master
git checkout pgcgap
git merge master