走着走着就累了，是什么让你在坚持？
2023-02-06
介绍 本文档描述了 xcms（version>=3）的 LCMS 实验的数据导入、探索、预处理和分析。示例和基本工作流程改编自 Colin A.Smith 的原始 LC/MS 预处理和分析。 新版本使用 XCMSnExpe 对象（
了尘兰若的小坑
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利用NCycDB数据库从宏基因组中预测氮循环基因
NCycDB 是一个手动管理的综合数据库，用于从鸟枪法宏基因组测序数据中快速准确地分析 N 循环基因（亚）家族。 NCycDB 总共包含 68 个基因（亚）家族，涵盖 8 个 N 循环过程，分别具有 95% 和 100% 一致性阈值的 84 759 和 219 146 个代表性序列。
SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白
分泌蛋白是指在细胞内合成后，分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白的N端有一般由15～30 个氨基酸组成的信号肽。信号肽是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短（长度5-30个氨基酸）肽链。常指新合成多肽链中用于指导蛋白质的跨膜转移（定位）的N-末端的氨基酸序列（有时不一定在N端）。使用SignalP注释蛋白序列是否含有信号肽结构，使用TMHMM注释蛋白序列是否含有跨膜结构，最终筛选出含有信号肽结构并且不含跨膜结构的蛋白为分泌蛋白。
使用EffectiveT3预测微生物中的III型分泌系统效应蛋白
III 型分泌系统 (Type III secretion system，T3SS) 主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径，T3SS效应蛋白 (Type III secretion system Effector protein) 与革兰氏阴性致病菌致病机理有关。通常用软件EffectiveT3 预测T3SS，通过其内部特定的计算模型对每条氨基酸序列进行评分，分值越高，可信度越高，选出评分高于阈值的序列，认为这些序列为III 型分泌系统效应蛋白。
原核生物基因岛预测
介绍如何使用islandpath软件预测原核生物的基因岛。
CAZy碳水化合物活性酶预测
CAZy 全称为Carbohydrate-Active enZYmes Database，碳水化合物酶相关的专业数据库，内容包括能催化碳水化合物降解、修饰、以及生物合成的相关酶系家族。其包含五个主要分类：糖苷水解酶（Glycoside Hydrolases, GHs）、糖基转移酶（GlycosylTransferases, GTs）、多糖裂解酶（Polysaccharide Lyases, PLs）、糖酯酶（Carbohydrate Esterases, CEs）和氧化还原酶（Auxiliary Activities, AAs）。此外，还包含与碳水化合物结合结构域（Carbohydrate-Binding Modules， CBMs）。五大分类和一个结构域下，都分别建立了多个Family。
Swissprot数据库的本地化与序列比对并与其他数据库快速mapping
请看正文！
2023-02-02
软件安装 MZconvert 下载 ProteoWizard 项目下的 Linux native 64-bit，上传至服务器并解压缩 (会将所有文件解压至当前目录，建议提前单独建一个目录)，解压后的文件即为可执行程序，需将该目录写入环境
2022-07-10
下载有 summary 的基因组 在 NCBI 基因组数据库搜索物种 下载元数据 获取下载链接 打开下载的元数据文件 prokaryotes.csv （该文件也可以直接去 NCBI FTP 中下载，一般在各物种的目录下，名
2022-04-15
使用场景 假设有一个 fasta 格式的序列文件 SRR9620252.faa ，我们想要提取其中的一些序列到一个新的文件中，我们拥有这些序列的 id （假设这些 id 存放在文件 ids.txt 中）。常规操作的话，可以复制 id，在
2022-03-15
English Readme | 中文说明 ____ ____ ____ ____ _ _
2022-03-10
升级 WSL 查看已安装的 WSL 版本 (Windows PowerShell 中运行) wsl.exe -l -v 显示如下： NAME STATE VERSI
2022-02-26
安装软件 mamba install miniasm minipolish raven-assembler flye medaka python=3.8 fastp bwa masurca trycycler git clone htt
2022-02-26
EggNOG-mapper 简介 (本文未完待续...) EggNOG-mapper (a.k.a. emapper.py or just emapper) is a tool for fast functional annotation
2022-01-19
Geographic Scale Influences the Interactivities Between Determinism and Stochasticity in the Assembly of Sedimentary Mi
2022-01-07
介绍 DeepARG 是一种机器学习解决方案，它使用深度学习来表征和注释宏基因组中的抗生素抗性基因。它由两种输入模型组成：短序列 Reads 和 gene-like 序列。 安装软件 通过 conda 安装 # 创建环境 c
