一世沉浮随风去，笑看红尘千百态。
2022-02-26
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了尘兰若的小坑
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利用NCycDB数据库从宏基因组中预测氮循环基因
NCycDB 是一个手动管理的综合数据库，用于从鸟枪法宏基因组测序数据中快速准确地分析 N 循环基因（亚）家族。 NCycDB 总共包含 68 个基因（亚）家族，涵盖 8 个 N 循环过程，分别具有 95% 和 100% 一致性阈值的 84 759 和 219 146 个代表性序列。
SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白
分泌蛋白是指在细胞内合成后，分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白的N端有一般由15～30 个氨基酸组成的信号肽。信号肽是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短（长度5-30个氨基酸）肽链。常指新合成多肽链中用于指导蛋白质的跨膜转移（定位）的N-末端的氨基酸序列（有时不一定在N端）。使用SignalP注释蛋白序列是否含有信号肽结构，使用TMHMM注释蛋白序列是否含有跨膜结构，最终筛选出含有信号肽结构并且不含跨膜结构的蛋白为分泌蛋白。
使用EffectiveT3预测微生物中的III型分泌系统效应蛋白
III 型分泌系统 (Type III secretion system，T3SS) 主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径，T3SS效应蛋白 (Type III secretion system Effector protein) 与革兰氏阴性致病菌致病机理有关。通常用软件EffectiveT3 预测T3SS，通过其内部特定的计算模型对每条氨基酸序列进行评分，分值越高，可信度越高，选出评分高于阈值的序列，认为这些序列为III 型分泌系统效应蛋白。
原核生物基因岛预测
介绍如何使用islandpath软件预测原核生物的基因岛。
CAZy碳水化合物活性酶预测
CAZy 全称为Carbohydrate-Active enZYmes Database，碳水化合物酶相关的专业数据库，内容包括能催化碳水化合物降解、修饰、以及生物合成的相关酶系家族。其包含五个主要分类：糖苷水解酶（Glycoside Hydrolases, GHs）、糖基转移酶（GlycosylTransferases, GTs）、多糖裂解酶（Polysaccharide Lyases, PLs）、糖酯酶（Carbohydrate Esterases, CEs）和氧化还原酶（Auxiliary Activities, AAs）。此外，还包含与碳水化合物结合结构域（Carbohydrate-Binding Modules， CBMs）。五大分类和一个结构域下，都分别建立了多个Family。
Swissprot数据库的本地化与序列比对并与其他数据库快速mapping
请看正文！
2022-02-26
EggNOG-mapper 简介 (本文未完待续...) EggNOG-mapper (a.k.a. emapper.py or just emapper) is a tool for fast functional annotation
2022-01-19
Geographic Scale Influences the Interactivities Between Determinism and Stochasticity in the Assembly of Sedimentary Mi
2022-01-07
介绍 DeepARG 是一种机器学习解决方案，它使用深度学习来表征和注释宏基因组中的抗生素抗性基因。它由两种输入模型组成：短序列 Reads 和 gene-like 序列。 安装软件 通过 conda 安装 # 创建环境 c
2022-01-03
蛋白质组的全局 pIs 细胞全局蛋白质组 pI 图的变化取决于氨基酸的总电荷，并对蛋白质的结构和特性具有重要意义。 普遍认为原核基因组具有两个最大的双峰形状，一个在酸性 pH 值下主要对应于溶解的蛋白质（细胞质蛋白或分泌蛋白），另一种在膜
2021-12-10
GTDB-Tk 是一个软件工具包，用于根据基因组数据库分类 GTDBGenome Database Taxonomy GTDB 为细菌和古菌基因组分配客观分类学分类assigning objective taxonomic classifi
2021-12-02
安装软件 安装主程序及依赖 VirSorter2 (version >=2.2.3) CheckV (version >=0.7.0) DRAMv (version >=1.2.0) conda create
2021-11-26
在 GitHub 上传文件时，单个文件不允许超过 100m，超过的话需要使用 Git Large File Storage，操作起来稍有些复杂，而且我记得也有限制。在这里我们可以将大文件压缩并切片，使之被分割为多个小文件，再上传 GitHu
2021-11-26
当我们要对一个多行多列的数据进行可视化的时候，分组条形图是一种不错的选择。 输入文件样式 本例中数据内容如下图所示，将其保存在名为 CAZy.Category.Matrix.txt 的文件中。 绘图代码 在 Rstudio 中运行如
2021-11-25
氮（N）循环是地球生态系统中重要的生物地球化学途径的集合，在生态学和环境研究中得到了广泛的关注。目前，鸟枪法宏基因组测序Shotgun metagenome sequencing已被广泛应用于探索负责 N 循环过程的基因家族。NCycDB
