2022-02-26
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2022-02-26
EggNOG-mapper 简介 (本文未完待续...) EggNOG-mapper (a.k.a. emapper.py or just emapper) is a tool for fast functional annotation
2022-01-19
Geographic Scale Influences the Interactivities Between Determinism and Stochasticity in the Assembly of Sedimentary Mi
2022-01-07
介绍 DeepARG 是一种机器学习解决方案,它使用深度学习来表征和注释宏基因组中的抗生素抗性基因。它由两种输入模型组成:短序列 Reads 和 gene-like 序列。 安装软件 通过 conda 安装 # 创建环境 c
2022-01-03
蛋白质组的全局 pIs 细胞全局蛋白质组 pI 图的变化取决于氨基酸的总电荷,并对蛋白质的结构和特性具有重要意义。 普遍认为原核基因组具有两个最大的双峰形状,一个在酸性 pH 值下主要对应于溶解的蛋白质(细胞质蛋白或分泌蛋白),另一种在膜
2021-12-10
GTDB-Tk 是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类 GTDBGenome Database Taxonomy GTDB 为细菌和古菌基因组分配客观分类学分类assigning objective taxonomic classifi
2021-12-02
安装软件 安装主程序及依赖 VirSorter2 (version >=2.2.3) CheckV (version >=0.7.0) DRAMv (version >=1.2.0) conda create
2021-11-26
在 GitHub 上传文件时,单个文件不允许超过 100m,超过的话需要使用 Git Large File Storage,操作起来稍有些复杂,而且我记得也有限制。在这里我们可以将大文件压缩并切片,使之被分割为多个小文件,再上传 GitHu
2021-11-26
当我们要对一个多行多列的数据进行可视化的时候,分组条形图是一种不错的选择。 输入文件样式 本例中数据内容如下图所示,将其保存在名为 CAZy.Category.Matrix.txt 的文件中。 绘图代码 在 Rstudio 中运行如
2021-11-25
氮(N)循环是地球生态系统中重要的生物地球化学途径的集合,在生态学和环境研究中得到了广泛的关注。目前,鸟枪法宏基因组测序Shotgun metagenome sequencing已被广泛应用于探索负责 N 循环过程的基因家族。NCycDB