2023-08-06
前言缘由网络上随处可见“某物种与人类的基因相似度高达x%”的说法。刚来P公司的时候F博曾问起过此事,初闻摸不着头脑,因为根本就不清楚说的是哪方面的相似性,讨论后一致认为这样的说法不合理。前几天需要制作一个宣传视频,F博又找我谈起了斑马鱼和人
2023-07-02
前言从2014年6月10日发表的第一篇推文到现在,已经走过了9个年头,粉丝也过千了,1150个粉丝看起来少之又少,但对于一个由个人维护的公众号来说,足够了,人不在多,只要它能帮助到几位、几十位有需求的人就足够了。
本号最初是我读博期间创建的
2023-05-28
前言微生物组分析描述了复杂微生物群落的动态特征,从而为研究微生物图谱与人类疾病[1–3]之间的关系提供了机会。
机器学习(ML)算法揭示了不同状态下微生物组特征的独特模式,从而促进了基于微生物组的疾病检测和治疗[8–10]。作为机器学习的一
2023-04-24
安装Python及依赖包python下载安装
windows用户请到Python官网https://www.python.org/downloads下载相应的版本,本教程在version 3.10.0测试可行,建议安装3.7以上版本。
L
2023-04-19
代谢组学常用仪器特点
仪器
特点
GC-MS
易挥发,低极性,热稳定的小分子化合物;需衍生化
LC-MS
具有一定极性的有机化合物;无需衍生化
NMR
无偏性,无损检测;•无需繁琐前处理,便于活体、原位的动态检测
CE-M
2023-04-17
安装metid包能够用于in-house代谢物库构建,并可利用MS2 spectra进行代谢物鉴定。metid自带数据库,来自于公共数据库的整合。
1234if(!require(remotes)){install.package
2023-02-06
介绍本文档描述了xcms(version>=3)的LCMS实验的数据导入、探索、预处理和分析。示例和基本工作流程改编自Colin A.Smith的原始LC/MS预处理和分析。
新版本使用XCMSnExpe对象(而不
2023-02-02
软件安装MZconvert下载ProteoWizard项目下的Linux native 64-bit,上传至服务器并解压缩 (会将所有文件解压至当前目录,建议提前单独建一个目录),解压后的文件即为可执行程序,需将该目录写入环境变量。
1ta
2022-07-10
下载有summary的基因组
在NCBI基因组数据库搜索物种
下载元数据
获取下载链接打开下载的元数据文件prokaryotes.csv(该文件也可以直接去NCBI FTP中下载,一般在各物种的目录下,名字为assembly_sum
2022-04-15
使用场景假设有一个fasta格式的序列文件SRR9620252.faa,我们想要提取其中的一些序列到一个新的文件中,我们拥有这些序列的id (假设这些id存放在文件ids.txt中)。常规操作的话,可以复制id,在fasta文件中打开搜索,