走着走着就累了，是什么让你在坚持？
了尘兰若的小坑
分享微生物生物信息学分析方法，欢迎加入QQ群交流945751012，不接受群内广告！
利用NCycDB数据库从宏基因组中预测氮循环基因
NCycDB 是一个手动管理的综合数据库，用于从鸟枪法宏基因组测序数据中快速准确地分析 N 循环基因（亚）家族。 NCycDB 总共包含 68 个基因（亚）家族，涵盖 8 个 N 循环过程，分别具有 95% 和 100% 一致性阈值的 84 759 和 219 146 个代表性序列。
SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白
分泌蛋白是指在细胞内合成后，分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白的N端有一般由15～30 个氨基酸组成的信号肽。信号肽是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短（长度5-30个氨基酸）肽链。常指新合成多肽链中用于指导蛋白质的跨膜转移（定位）的N-末端的氨基酸序列（有时不一定在N端）。使用SignalP注释蛋白序列是否含有信号肽结构，使用TMHMM注释蛋白序列是否含有跨膜结构，最终筛选出含有信号肽结构并且不含跨膜结构的蛋白为分泌蛋白。
使用EffectiveT3预测微生物中的III型分泌系统效应蛋白
III 型分泌系统 (Type III secretion system，T3SS) 主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径，T3SS效应蛋白 (Type III secretion system Effector protein) 与革兰氏阴性致病菌致病机理有关。通常用软件EffectiveT3 预测T3SS，通过其内部特定的计算模型对每条氨基酸序列进行评分，分值越高，可信度越高，选出评分高于阈值的序列，认为这些序列为III 型分泌系统效应蛋白。
原核生物基因岛预测
介绍如何使用islandpath软件预测原核生物的基因岛。
CAZy碳水化合物活性酶预测
CAZy 全称为Carbohydrate-Active enZYmes Database，碳水化合物酶相关的专业数据库，内容包括能催化碳水化合物降解、修饰、以及生物合成的相关酶系家族。其包含五个主要分类：糖苷水解酶（Glycoside Hydrolases, GHs）、糖基转移酶（GlycosylTransferases, GTs）、多糖裂解酶（Polysaccharide Lyases, PLs）、糖酯酶（Carbohydrate Esterases, CEs）和氧化还原酶（Auxiliary Activities, AAs）。此外，还包含与碳水化合物结合结构域（Carbohydrate-Binding Modules， CBMs）。五大分类和一个结构域下，都分别建立了多个Family。
Swissprot数据库的本地化与序列比对并与其他数据库快速mapping
请看正文！
2019-03-30
我在win10 Linux子系统下使用mpirun多线程运行ABySS基因组拼接软件的时候，出现以下错误提示：
12345Linux kernel CMA support was requested via the btl_vader_
2019-03-20
寻找同源蛋白家族用的比较多的是Orthomcl，但是该软件多年前已经停止更新，且使用的时候需要安装和使用MySQL，操作起来比较繁琐。因此OrthoFinder应运而生，并且更新到版本2。后者不但可以寻找同源家族，并且可以构建基因家族进化树。
2019-03-18
对于搞科研的小伙伴们来说，PubMed是一个必不可少的文献查阅数据库，然而输入关键字后，出来的文章少则几十篇，多则上百篇。而这些文章的质量却参差不齐，那么如何高效的选择高水平的文章来下载和阅读呢？
2019-02-22
R语言作图时，默认情况下软件会按照自己的方式对坐标轴的项目进行排序，然而这种排序往往不是我们所希望的，因此需要想办法让坐标轴的项目按照我们希望的顺序输出。
2018-12-14
kSNP3可以利用reads、draft genomes或complete genomes寻找SNPs，并构建进化树。操作比较简单，小白比较容易上手。
