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承接上一篇文章Swissprot数据库的本地化与序列比对。 应用场景分别预测了多个样本/基因组中某些基因的存在与否即数量，需要将这些样本/基因组中的基因数量情况合并在一起构建矩阵，此时，手动是非常困难和无趣的。又该请出P

数据库下载与构建下载1wget https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta

有时候我们手里会得到一些NCBI的assession number，且数量比较多，而我们真正需要的是序列，这时候手动挨个搜索和下载是不太现实的，除非是你闲得无事可做。其实有一个网页是可以批量下载序列的，即https://www.ncbi.n

每次在Windows下运行Perl，或者通过Perl处理Windows系统生成的文件时，行尾总会有隐藏的换行符删不掉，chomp毛用都没有。处理后的文件在文本阅读器如TXT、EditPlus等中是看不到换行符的，然而当将文本内容拷贝到Exc

为何要手绘堆叠图？QIIME2虽然可以生成堆叠图，然而图片只能在网页上查看，无法下载。此外，QIIME2的图有几分丑，且不可个性化修改，因此，手绘最靠谱。手绘当然不是用手画，而是用手敲代码。 输入文件 各级别的物种分布文件，可以直接从QII

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在绘图过程中经常需要为不同的对象分配不同的color，然而如何得到对比度高又不唐突的color组合是一门艺术。对于不懂美术的理工男来说，希望有现成的color sets可用。

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确定性过程（deterministic processes）和随机性过程（stochastic processes)是两个影响微生物群落结构系统发育组装的重要过程，本文介绍计算二者所占比例的方法。