Shiny从入门到入定——16-Escaping the graph

当一个基因组含有多个Contigs/Scaffolds的时候，在GenBank文件中也会产生多个LOCUS。某些软件会将GenBank文件作为输入，但仅支持一个GenBank文件中只包含一条Contig/Scaffold，如基因岛预测软件islandpath。这个时候就需要我们将GenBank文件进行切割。手动切是体力活，也不像钓鱼那样有成就感，因此提供一个脚本”split_GenBank.pl”来完成。

敬告：使用该脚本请引用本文网址，请尊重本人的劳动成果，谢谢！

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
# Author: Liu hualin
# Date: Oct 9, 2021

my @gbk = glob("*.gbk");# 批处理所有后缀为.gbk的文件
foreach  (@gbk) {
	$_=~/(.+).gbk/;
	my $str = $1;
	open IN, "$_" || die;
	local $/ = "LOCUS";
	<IN>;
	while (<IN>) {
		chomp;
		$_=~/\s+(\S+)/;
		my $scaf = $1;
		my $out = $str . "_" . $scaf . ".gb";
		my $assession = $str . "_" . $scaf;
		$_=~s/ACCESSION.+/ACCESSION   $assession/g;# 添加ACCESSION number
		open OUT, ">$out" || die;
		print OUT "LOCUS$_";
		close OUT;
	}
	close IN;
}

将脚本与后缀名为“.gbk”的GenBank文件放在同一目录下，运行如下代码：

perl split_GenBank.pl

得到的后缀名为“.gb”的文件即为切割后的GenBank文件。

脚本获取

关注公众号“生信之巅”，聊天窗口回复“d9f9”获取下载链接。

敬告：使用文中脚本请引用本文网址，请尊重本人的劳动成果，谢谢！Notice: When you use the scripts in this article, please cite the link of this webpage. Thank you!