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R语言安装依赖包错误集锦
发表于:2021-11-02 | 分类: 生物信息
字数统计: 165 | 阅读时长: 1分钟 | 阅读量:

devtools 安装错误

XML 包 安装之 ERROR: configuration failed for package ‘XML’

  • CentOS 解决方案

    在 Linux 终端中运行如下命令即可:

    sudo yum install -y libxml2-devel

qiime2R 安装错误

rjcommon.h:11:21: fatal error: jpeglib.h: No such file or directory

该错误是安装依赖包 “jpeg” 时发生的。

  • CentOS 解决方案

    在 Linux 终端中运行如下命令即可:

    sudo yum install sudo yum install -y libjpeg-turbo-devel.x86_64

WGCNA 安装错误

Warning in install.packages :
没有 '‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘GO.db’, ‘AnnotationDbi’' 这种相依关系

  • 解决方案:在 R 环境下通过 BiocManager 安装 GO.db
    if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
      install.packages("BiocManager")
    	
    BiocManager::install(c("GO.db", "impute", "preprocessCore"))
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