了尘兰若的小坑

2023-11-18

Shiny从入门到入定——2-在大大的花园里面挖呀挖呀挖

IT

基础UI引言现在，您已经具备了基本的Shiny应用程序，我们可以开始详细探索使Shiny起作用的内容。正如您在上一章所看到的，Shiny鼓励将生成用户界面（前端）的代码与驱动应用程序行为的代码（后端）分开。在本章中，我们将重点关注前端，并

2023-11-13

16S扩增子测序及宏基因组测序

生物信息

引言在本文中，我将着重介绍两种高通量测序技术：16S rDNA扩增子测序和Shot-gun宏基因组测序。我们的主要目的是帮助大家深入了解这些技术的原理、应用场景以及如何解读数据分析结果。随着高通量测序技术的快速发展，我们能够更全面、更深入

2023-11-10

Shiny从入门到入定——1.在小小的花园里面挖呀挖呀挖

IT

前言本部分为学习Shiny的第一阶段——挖坑。在接下来的四章中，目标是让读者尽快学会编写Shiny应用程序。在第一章中，作者将从小处着手，但内容完整，向读者展示应用程序的所有主要部分以及它们如何组合在一起。在第二章和第三章中，读者

2023-11-09

Shiny从入门到入定——0欢迎入坑

IT

欢迎语Shiny是使用R代码创建Web应用程序的框架。它主要是为数据科学家设计的，为此，您可以在不了解HTML，CSS或JavaScript的情况下创建相当复杂的Shiny应用程序。另一方面，Shiny并不限制您只能创建琐碎的或预制的程序：

2023-08-06

某某动物与人类基因组的相似性高达x%？——是时候改变这种丈二和尚的说法了

探讨

前言缘由网络上随处可见“某物种与人类的基因相似度高达x%”的说法。刚来P公司的时候F博曾问起过此事，初闻摸不着头脑，因为根本就不清楚说的是哪方面的相似性，讨论后一致认为这样的说法不合理。前几天需要制作一个宣传视频，F博又找我谈起了斑马鱼和人

2023-07-02

公众号9岁了——送给粉丝的话

闲谈

前言从2014年6月10日发表的第一篇推文到现在，已经走过了9个年头，粉丝也过千了，1150个粉丝看起来少之又少，但对于一个由个人维护的公众号来说，足够了，人不在多，只要它能帮助到几位、几十位有需求的人就足够了。本号最初是我读博期间创建的

2023-05-28

走向多标签分类：机器学习在微生物组研究中的下一步

机器学习

前言微生物组分析描述了复杂微生物群落的动态特征，从而为研究微生物图谱与人类疾病[1–3]之间的关系提供了机会。机器学习（ML）算法揭示了不同状态下微生物组特征的独特模式，从而促进了基于微生物组的疾病检测和治疗[8–10]。作为机器学习的一

2023-04-24

批量下载某研究方向重要文献

生物信息

安装Python及依赖包python下载安装 windows用户请到Python官网https://www.python.org/downloads下载相应的版本，本教程在version 3.10.0测试可行，建议安装3.7以上版本。 L

2023-04-19

基于TidyMass的非靶向代谢组学分析

生物信息

代谢组学常用仪器特点仪器特点 GC-MS 易挥发，低极性，热稳定的小分子化合物；需衍生化 LC-MS 具有一定极性的有机化合物；无需衍生化 NMR 无偏性，无损检测；•无需繁琐前处理，便于活体、原位的动态检测 CE-M

2023-04-17

用metid构建代谢组数据库

生物信息

安装metid包能够用于in-house代谢物库构建，并可利用MS2 spectra进行代谢物鉴定。metid自带数据库，来自于公共数据库的整合。 1234if(!require(remotes)){install.package

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可怕的不是别人

Swissprot数据库的本地化与序列比对并与其他数据库快速mapping

利用NCycDB数据库从宏基因组中预测氮循环基因

SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白

使用EffectiveT3预测微生物中的III型分泌系统效应蛋白

原核生物基因岛预测

CAZy碳水化合物活性酶预测

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