2024-08-28 NCBI上传基因簇之table2asn的使用 NCBI序列处理生信软件 生物信息 向NCBI提交基因簇的时候需要提供sqn格式的文件,之前我在文章《NCBI上传基因簇之tbl2asn的使用》中介绍过如何使用tbl2asn生成sqn文件,遗憾的是tbl2asn官方已经不再提供软件下载了,提供的新工具为table2asn,本
2024-07-30 用MaAsLin2包做微生物组多变量线性模型关联分析 R语言扩增子生信软件 生物信息 简介MaAsLin 2 是 MaAsLin(微生物组多变量线性模型关联,Microbiome Multivariable Association with Linear Models)的下一代产品。 MaAsLin 2 是一个全面的 R 语
2023-11-13 16S扩增子测序及宏基因组测序 宏基因组扩增子测序 生物信息 引言在本文中,我将着重介绍两种高通量测序技术:16S rDNA扩增子测序和Shot-gun宏基因组测序。我们的主要目的是帮助大家深入了解这些技术的原理、应用场景以及如何解读数据分析结果。 随着高通量测序技术的快速发展,我们能够更全面、更深入
2023-04-24 批量下载某研究方向重要文献 NCBI - 下载 - NCBI 生物信息 安装Python及依赖包python下载安装 windows用户请到Python官网https://www.python.org/downloads下载相应的版本,本教程在version 3.10.0测试可行,建议安装3.7以上版本。 L
2023-04-19 基于TidyMass的非靶向代谢组学分析 代谢组生信软件 生物信息 代谢组学常用仪器特点 仪器 特点 GC-MS 易挥发,低极性,热稳定的小分子化合物;需衍生化 LC-MS 具有一定极性的有机化合物;无需衍生化 NMR 无偏性,无损检测;•无需繁琐前处理,便于活体、原位的动态检测 CE-M
2023-04-17 用metid构建代谢组数据库 代谢组学生信软件 生物信息 安装metid包能够用于in-house代谢物库构建,并可利用MS2 spectra进行代谢物鉴定。metid自带数据库,来自于公共数据库的整合。 1234if(!require(remotes)){install.package
2023-02-06 使用xcms3处理和分析LC-MS数据 代谢组生信软件 生物信息 介绍本文档描述了xcms(version>=3)的LCMS实验的数据导入、探索、预处理和分析。示例和基本工作流程改编自Colin A.Smith的原始LC/MS预处理和分析。 新版本使用XCMSnExpe对象(而不
2023-02-02 代谢组相关软件的安装及使用 代谢组生信软件 生物信息 软件安装MZconvert下载ProteoWizard项目下的Linux native 64-bit,上传至服务器并解压缩 (会将所有文件解压至当前目录,建议提前单独建一个目录),解压后的文件即为可执行程序,需将该目录写入环境变量。 1ta
2022-07-10 多种方法批量下载NCBI基因组 NCBI下载 生物信息 下载有summary的基因组 在NCBI基因组数据库搜索物种 下载元数据 获取下载链接打开下载的元数据文件prokaryotes.csv(该文件也可以直接去NCBI FTP中下载,一般在各物种的目录下,名字为assembly_sum
2022-04-15 利用PGCGAP根据ids提取序列信息 序列处理 生物信息 使用场景假设有一个fasta格式的序列文件SRR9620252.faa,我们想要提取其中的一些序列到一个新的文件中,我们拥有这些序列的id (假设这些id存放在文件ids.txt中)。常规操作的话,可以复制id,在fasta文件中打开搜索,