使用场景
假设有一个fasta格式的序列文件SRR9620252.faa，我们想要提取其中的一些序列到一个新的文件中，我们拥有这些序列的id （假设这些id存放在文件ids.txt中）。常规操作的话，可以复制id，在fasta文件中打开搜索，粘贴id，点击查找，复制找到的序列，粘贴到新的文件中（假设为Seqout.fasta）。假如你只找一条序列，1 min之内可以完成，假如你要找100条序列，1 h可能没了。而用PGCGAP可以在1 min之内完成，剩下的59 min可以喝喝茶。
使用方法
PGCGAP安装
参考官网，需要版本v1.0.35及以上。
开始提取
在终端里打开PGCGAP的conda安装环境，并运行如下命令：
1 | # ids.txt中含有要提取序列的id，可以是一列或者多列，如果为多列，需要用空格或者制表符来分隔列与列，id本身是不能带空格的。 |
提取的文件保存在Seqout.fasta中。
引用
Liu H, Xin B, Zheng J, Zhong H, Yu Y, Peng D, Sun M. Build a bioinformatics analysis platform and apply it to routine analysis of microbial genomics and comparative genomics. Protocol exchange, 2022. DOI: 10.21203/rs.2.21224/v6
示例获取
关注公众号“生信之巅”，聊天窗口回复“e6ae”获取下载链接。
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敬告：使用文中脚本请引用PGCGAP，请尊重本人的劳动成果，谢谢！
