安装Python及依赖包
python下载安装
windows用户请到Python官网https://www.python.org/downloads下载相应的版本，本教程在
version 3.10.0测试可行，建议安装3.7以上版本。Linux系统自带python，一般不需单独安装，除非版本太低，则需升级。
依赖包安装
BeautifulSoup
以下命令可以在Windows中的CMD/Powershell或Linux终端中运行。
1 | pip install BeautifulSoup4 |
requests
1 | pip install requests |
xlrd
1 | pip install xlrd |
通过AI搜索关键词获取文献列表
假设我们需要查找代谢组学和微生物组联合研究的文章，进入AI based文献检索网站https://www.citexs.com/Paperpicky，输入关键词 “metabolomics;metabolome” 和 “microbiome”，并点击批量下载，保存为Excel格式（如下图所示）。
下载后会得到“文献.csv”，打开文件检查各列是否与下图匹配。从左至右依次为Title、Journal、IF、DOI、PMID、Pub_Date、Url，若不匹配，请先修改，如果第二例为作者信息，那么可将该列删除。
爬取文献保存至本地
本教程脚本基于大阔同学脚本修改而来，添加了参数，避免用户修改源代码；增加了随机user-agent，避免下载次数过多被屏蔽。原理是基于文献DOI，利用爬虫通过SCI-HUB下载文献。因此，必需要在文献.csv中提供DOI。有些文章不在SCI-HUB中，或者网络环境较差，则会下载失败，失败信息写入error.log中。
将DownloadPaper.py和文献.csv放在同一目录下，并在该目录下shift+右键打开Powershell窗口（俗称cmd），输入下面的命令，回车即可下载。如果电脑安装了WSL Ubuntu，也可以进入Linux终端。
1 | python DownloadPaper.py -f 文献.csv -o Papers -c 20 |
参数解析：
- f：指定包含文献信息的文件
- o：将文献下载至该参数指定的路径中
- c：影响因子阈值，低于该阈值的文献将不会下载
参考
代码获取
关注公众号“生信之巅”，聊天窗口回复“29bf”获取下载链接。
 |
 |
敬告：使用文中脚本请引用本文网址，请尊重本人的劳动成果，谢谢！
