2021-11-12NCBI上传基因簇之tbl2asn的使用NCBI序列处理生信软件 生物信息向 NCBI 提交基因簇的时候需要提供 sqn 格式的文件,这个文件需要通过 tbl2asn 生成。 文件准备 tbl2asn 依赖三个文件来生成 sqn 文件: 文件 1:fasta 格式的基因组序列文件 Header 处的中括号部
2021-11-02R语言安装依赖包错误集锦LinuxR语言软件 生物信息devtools 安装错误 XML 包 安装之 ERROR: configuration failed for package ‘XML’ CentOS 解决方案 在 Linux 终端中运行如下命令即可: sudo yum inst
2021-11-02在Linux服务器中安装网页版RstudioLinuxR语言软件 生物信息本文演示如何在 CentOS7 服务器上安装 Rstudio server。 安装 Rstudio 访问 Rstudio 官网,选择对应的 Linux 发行版,下载 Rstudio 安装包。本文以最常见的 CentOS7 为例演示,前提是
2021-10-20在FASTA文件中搜索完全匹配的短序列序列处理 生物信息有时候需要在 FASTA 格式的文件中搜索短的保守序列,这个时候采用查找法比使用 blast 等序列比对更加人性化。但是要注意避坑,即 FASTA 文档中的序列一般是被打断为许多行的,如果要查找的目标序列恰好在断行处,是没有办法直接揪出它的
2021-10-14SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白Functional genomicsSY179WGS生信软件 生物信息Subtitle: Predict Secretory Protein in microbes with SignalP and TMHMM 分泌蛋白Secretory Protein是指在细胞内合成后,分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白
2021-10-13使用EffectiveT3预测微生物中的III型分泌系统效应蛋白Functional genomicsSY179T3SSWGS生信软件 生物信息III 型分泌系统 (Type III secretion system,T3SS) 主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径,T3SS 效应蛋白 (Type III secretion system Effector prote
2021-10-09从GenBank文件中提取FeaturesBioPerlperl序列处理编程 生物信息二话不说,上代码,需要安装 BioPerl #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Bio::SeqIO; # Author: Liu hualin # Date: Oct 9, 2021
2021-10-09按照Contig切割GenBank文件perl序列处理编程 生物信息当一个基因组含有多个 Contigs/Scaffolds 的时候,在 GenBank 文件中也会产生多个 LOCUS。某些软件会将 GenBank 文件作为输入,但仅支持一个 GenBank 文件中只包含一条 Contig/Scaffold
2021-10-08原核生物基因岛预测Functional genomicsWGS基因岛生信软件 生物信息软件 (Software needed) IslandPath-DIMOB BioPerl 安装 (Installation) conda install islandpath conda install perl-bioperl
2021-09-30CAZy碳水化合物活性酶预测CAZyFunctional genomicsSY179 生物信息CAZy 数据库简介 CAZy 全称为 Carbohydrate-Active enZYmes Database,碳水化合物酶相关的专业数据库,内容包括能催化碳水化合物降解、修饰、以及生物合成的相关酶系家族。其包含五个主要分类:糖苷水解酶