2021-11-02 在Linux服务器中安装网页版Rstudio LinuxR语言软件 生物信息 本文演示如何在CentOS7服务器上安装Rstudio server。 安装Rstudio访问Rstudio官网,选择对应的Linux发行版,下载Rstudio安装包。本文以最常见的CentOS7为例演示,前提是系统中已经安装了R。 12w
2021-10-20 在FASTA文件中搜索完全匹配的短序列 序列处理 生物信息 有时候需要在FASTA格式的文件中搜索短的保守序列,这个时候采用查找法比使用blast等序列比对更加人性化。但是要注意避坑,即FASTA文档中的序列一般是被打断为许多行的,如果要查找的目标序列恰好在断行处,是没有办法直接揪出它的,所以在查找
2021-10-14 SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白 Functional genomicsSY179WGS生信软件 生物信息 Subtitle: Predict Secretory Protein in microbes with SignalP and TMHMM 分泌蛋白Secretory Protein是指在细胞内合成后,分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白
2021-10-13 使用EffectiveT3预测微生物中的III型分泌系统效应蛋白 Functional genomicsSY179T3SSWGS生信软件 生物信息 III 型分泌系统 (Type III secretion system,T3SS) 主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径,T3SS效应蛋白 (Type III secretion system Effector protei
2021-10-09 从GenBank文件中提取Features BioPerlperl序列处理编程 生物信息 二话不说,上代码,需要安装BioPerl 123456789101112131415161718192021#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;use Bio::SeqIO;# Author: Li
2021-10-09 按照Contig切割GenBank文件 perl序列处理编程 生物信息 当一个基因组含有多个Contigs/Scaffolds的时候,在GenBank文件中也会产生多个LOCUS。某些软件会将GenBank文件作为输入,但仅支持一个GenBank文件中只包含一条Contig/Scaffold
2021-10-08 原核生物基因岛预测 Functional genomicsWGS基因岛生信软件 生物信息 软件 (Software needed) IslandPath-DIMOB BioPerl 安装 (Installation)12conda install islandpathconda install perl-bioperl 输入
2021-09-30 CAZy碳水化合物活性酶预测 CAZyFunctional genomicsSY179 生物信息 CAZy数据库简介CAZy 全称为Carbohydrate-Active enZYmes Database,碳水化合物酶相关的专业数据库,内容包括能催化碳水化合物降解、修饰、以及生物合成的相关酶系家族。其包含五个主要分类:糖苷水解酶(Gly
2021-09-29 构建样本vs基因矩阵 SY179perl编程 生物信息 承接上一篇文章Swissprot数据库的本地化与序列比对。 应用场景分别预测了多个样本/基因组中某些基因的存在与否即数量,需要将这些样本/基因组中的基因数量情况合并在一起构建矩阵,此时,手动是非常困难和无趣的。又该请出P
2021-09-28 Swissprot数据库的本地化与序列比对并与其他数据库快速mapping Functional genomicsSY179生信软件 生物信息 数据库下载与构建下载1wget https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta