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发表于:2021-12-01 |
字数统计: 3.3k | 阅读时长: 15分钟 | 阅读量:

关于我

刘华林,现于中山大学做博士后,主要从事基于微生物组学的海洋生态进化与适应机制研究。

教育经历

2012-09 至 2019-12华中农业大学硕士 + 博士微生物学
2008-09 至 2012-06枣庄学院学士生物技术

工作经历

2020-08 至今中山大学博士后海洋生态基因组

专业技能

微生物基因组学、比较基因组学、微生物组学、生物信息学管道开发

IT

LinuxPerlRGitIllustratorPhotoshop

证书

  • CET4、CET6、NCRE1、NCRE2(C 语言)、NCRE4(网络工程师)、普通话等级证书、驾驶证

荣誉

  • 2018-11 优秀学术报告 天津市微生物学会 | 奖励描述:第十三届全国芽胞杆菌青年工作者学术研讨会
  • 2018-07 优秀讲师 华中农业大学 | 奖励描述:JC Bioinformatics 2018 暑期班
  • 2018-05 优秀博士生 华中农业大学 | 奖励描述:生命科学技术学院 2018 年 “优秀博士生培养计划”
  • 2017-06 三好研究生 华中农业大学 | 奖励描述:2016-2017 学年度研究生先进个人评选
  • 2016-11 三好研究生 华中农业大学 | 奖励描述:2015-2016 学年度研究生先进个人评选
  • 2015-12 先正达齐尔顿研究生奖学金 华中农业大学 | 奖励描述:8000 元奖学金
  • 2014-12 科研积极分子 华中农业大学 | 奖励描述:学校 2013-2014 年度研究生先进个人评选
  • 2009-06 实习先进个人 枣庄学院 | 奖励描述:生命科学系野外实习
  • 2009-06 宿舍文化节原创作品类二等奖 枣庄学院 | 奖励描述:枣庄学院第四届大学生宿舍文化节
  • 2009-04 最佳搞笑奖 枣庄学院 | 奖励描述:枣庄学院生命科学系第二届 “相声小品大赛”
优秀学术报告优秀讲师
优秀博士生
先正达齐尔顿研究生奖学金三好研究生
三好研究生
科研积极分子实习先进个人
宿舍文化节原创作品类二等奖最佳搞笑奖

项目 & 实践

  • 2018.11:第七届全国微生物基因组学学术研讨会 - 微生物基因组学培训主讲人。讲解常用的微生物基因组学相关软件的安装及使用。
  • 2018.07:JC Bioinformatics 2018 暑期班主讲人。讲解 16S rRNA 扩增子测序的原理以及基于 QIIME2 软件的分析方法。
  • 2017.07:微生物基因组学培训第一期主讲人。讲解常用的微生物基因组学相关软件的安装及使用。
  • 2012.12-2017.11:先正达苏云金芽胞杆菌新型杀虫蛋白基因发掘。平台建设人之一,负责生物信息学分析与相关 pipeline(BtToxin_DiggerPGCGAP)的开发。

参会 & 竞赛

时间地点会议名称是否做报告报告题目
2022.05.15线上 @北京 - 中国农业科学院植物保护研究所第十七届全国芽胞杆菌青年工作者学术研讨会-
2021.11.19-20线上 @扬州 - 江苏省农业科学院植物保护研究所第十六届全国芽胞杆菌青年工作者学术研讨会-
2020.11.22线上 @武汉 - 华中农业大学第十五届全国芽胞杆菌青年工作者学术研讨会-
2019.10.18中山大学 @珠海“科技创新与未来海洋”—— 海洋科学与工程全国博士后学术论坛苏云金芽胞杆菌的多样性及其生物地理学
2018.11.28-12.02江西农业大学 @南昌第七届全国微生物基因组学学术研讨会举办微生物基因组学培训班
2018.11.09-11南开大学 @天津第十三届全国芽胞杆菌青年工作者学术研讨会苏云金芽胞杆菌的多样性及其生物地理学
2016.7.17-19中国科学院上海生科院植物生理生态研究所 @上海第六届全国农业微生物研究及产业化研讨会暨第十五届全国杀虫微生物学术研讨会与第十一届全国虫生真菌学术研讨会-
2015.12.19华中农业大学 @武汉第二届 “菲沙杯” 生物信息项目设计大赛以子之矛攻子之盾 —— 浮游生物群落动态分析揭示藻华成因与治理策略的提出
2015.11.21-22中国科学院武汉病毒研究所 @武汉第十届全国芽胞杆菌青年工作者学术研讨会-
2015.03.28华中农业大学 @武汉第二届国际 & 华中地区生物信息学研讨会-

发表文章

红色字体标记本人为一作,*:代表共同第一作者

  • Hualin Liu, Xueyu Cai, Kunwen Luo, Sihan Chen, Ming Su and Jianguo Lu. (2022) Microbial diversity, community turnover and putative functions in submarine canyon sediments under the action of sedimentary geology revealed by amplicon and metagenomic sequencing. (Under review)

  • Hualin Liu, Genmei Lin, Dong Gao, Hongyu Chen, Miao He and Jianguo Lu. (2022) Geographic Scale Influences the Interactivities Between Determinism and Stochasticity in the Assembly of Sedimentary Microbial Communities on the South China Sea Shelf. Microbial Ecology. doi: 10.1007/s00248-021-01946-x (Published: 18 January 2022) IF2022: 4.192 中科院大类 - 生物 - 3 区 TOP [MICROBIOLOGY 微生物学 3 区,MARINE & FRESHWATER BIOLOGY 海洋与淡水生物学 1 区,ECOLOGY 生态学 2 区]

  • Hualin Liu, Jinshui Zheng, Dexin Bo, Yun Yu, Weixing Ye, Donghai Peng and Ming Sun. (2022) BtToxin_Digger: a comprehensive and high-throughput pipeline for mining toxin protein genes from Bacillus thuringiensis. Bioinformatics, 38: 250-251. doi: 10.1093/bioinformatics/btab506. (Published: 1 January 2022) IF2022: 6.931 中科院大类 - 生物 - 2 区 TOP [MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY 数学与计算生物学 1 区,BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY 生物工程与应用微生物 2 区,BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS 生化研究方法 1 区]

  • 郑金水,薄得鑫,刘华林。公益性微生物基因组学培训班在高校中的实践与探讨 [J]. 科教文汇 (中旬刊), 2021 (11):82-84. doi: 10.16871/j.cnki.kjwhb.2021.11.027. (发表: 2021.11)

  • Hualin Liu*, Vimalkumar Prajapati*, Shobha Prajapati, Harsh Bais and Jianguo Lu. (2021) Comparative genome analysis of Bacillus amyloliquefaciens focusing on phylogenomics, functional traits, and prevalence of antimicrobial and virulence genes. Frontiers in Genetics. 12(1750):724217. doi: 10.3389/fgene.2021.724217 (Published: 30 September 2021) IF2022: 4.772 中科院大区 - 生物 - 3 区 [GENETICS & HEREDITY 遗传学 3 区]

  • Juanjuan Wang, Haitao Xu, Shu Liu, Baolong Song, Hualin Liu, Feng Li, Shulin Deng, Guangli Wang, Huawei Zeng, Xin Zeng, Dayong Xu, Biao Zhang and Bingyue Xin (2021) Toyoncin, a Novel Leaderless Bacteriocin That Is Produced by Bacillus toyonensis XIN-YC13 and Specifically Targets B. cereus and Listeria monocytogenes. Applied and Environmental Microbiology, 87(12): e00185-21. doi: 10.1128/AEM.00185-21 (Published: 26 May 2021) IF2022: 5.005 中科院大类 - 生物 - 2 区 TOP [MICROBIOLOGY 微生物学 3 区,BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY 生物工程与应用微生物 2 区] EI 收录

  • Bingyue Xin, Haitao Xu, Hualin Liu, Shu Liu, Juanjuan Wang, Jianping Xue, Fei Zhang, Shulin Deng, Huawei Zeng, Xin Zeng, Dayong Xu, Yi Zhao, Feng Li* and Guangli Wang*. (2020) Identification and characterization of a novel circular bacteriocin, bacicyclicin XIN-1, from Bacillus sp. Xin1. Food Control. 2020:107696. doi: 10.1016/j.foodcont.2020.107696 (Published: March 2021) IF2022: 6.652, 中科院大类 - 2 区 [FOOD SCIENCE & TECHNOLOGY 食品科技 2 区]

  • Bingyue Xin*, Hualin Liu*, Jinshui Zheng, Chuanshuai Xie, Ying Gao, Dadong Dai, Donghai Peng, Lifang Ruan, Huanchun Chen and Ming Sun. (2020) In silico analysis highlights the diversity and novelty of circular bacteriocins in sequenced microbial genomes. mSystems. 5(3). doi: 10.1128/mSystems.00047-20 (Published: 02 June 2020) IF2022: 7.324, 中科院大类 - 生物 - 2 区 [MICROBIOLOGY 微生物学 2 区]

  • 许园园,余芸,范雅静,刘华林,孙明,王月莹。晶胞粘连苏云金芽胞杆菌 C15 杀线虫毒力因子发掘与功能鉴定 [J]. 生物资源,2019, 41 (04): 314-323. doi: 10.14188/j.ajsh.2019.04.005 (发表: 2019.05.05)

  • Muhammad Sajid, Ce Geng, Miaomiao Li, Yueying Wang, Hualin Liu, Jinshui Zheng, Donghai Peng and Ming Sun (2018). Whole genomic analysis of Bacillus thuringiensis revealing partial genes as a source of novel Cry toxins. Applied and Environmental Microbiology, 2018, 84(14). doi: 10.1128/aem.00277-18 (Published: 02 July 2018) IF2022: 5.005 中科院大类 - 生物 - 2 区 TOP [MICROBIOLOGY 微生物学 3 区,BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY 生物工程与应用微生物 2 区] EI 收录

  • Jinshui Zheng, Qiuling Gao, Linlin Liu, Hualin Liu, Yueying Wang, Donghai Peng, Lifang Ruan, Ben Raymond and Ming Sun. (2017). Comparative genomics of Bacillus thuringiensis reveals a path to specialized exploitation of multiple invertebrate hosts. Mbio, 8(4), e00822-17. doi: 10.1128/mBio.00822-17 (Published: 08 August 2017) IF2022: 7.786, 中科院大类 - 生物 - 2 区 [MICROBIOLOGY 微生物学 2 区]

  • Bingyue Xin, Jinshui Zheng, Hualin Liu, Junhua Li, Lifang Ruan, Donghai Peng, Muhammad Sajid and Ming Sun. (2016) Thusin, a Novel Two-Component Lantibiotic with Potent Antimicrobial Activity against Several Gram-Positive Pathogens. Frontiers in Microbiology. 7:1115. doi: 10.3389/fmicb.2016.01115 (Published: 19 July 2016) IF2022: 6.064, 中科院大类 - 生物 - 2 区 TOP [MICROBIOLOGY 微生物学 2 区]

  • Ziqiang Zheng, Jinshui Zheng, Hualin Liu, Donghai Peng and Ming Sun. (2016). Complete genome sequence of Fictibacillus phosphorivorans G25-29, a strain toxic to nematodes. Journal of Biotechnology, 239, 20-22. doi: 10.1016/j.jbiotec.2016.09.014 (Published: 10 December 2016) IF2022: 3.595, 中科院大类 - 工程技术 - 3 区 [BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY 生物工程与应用微生物 3 区] EI 收录

  • Guoqiang Liu, Yingying Kong, Hualin Liu, Donghai Peng, Lifang Ruan, Yiming Wu and Ming Sun. (2016). Incidental mutations occur frequently during transposon mutagenesis. Fems Microbiology Letters, 364(3). doi: 10.1093/femsle/fnw293 (Published: 01 February 2017) IF2022: 2.820, 中科院大类 - 生物 - 4 区 [MICROBIOLOGY 微生物学 4 区]

  • Yueying Wang, Jingjing Fu, Qian Zhu, Lei Zhu, Jinshui Zheng, Hualin Liu, Donghai Peng, Lifang Ruan and Ming Sun. (2016). Complete genome sequence of Bacillus thuringiensis serovar alesti BGSC 4C1, a typical strain with toxicity to Lepidoptera insects. Journal of Biotechnology, 239, 61-64. doi: 10.1016/j.jbiotec.2016.09.015 (Published: 10 December 2016) IF2022: 3.595, 中科院大类 - 工程技术 - 3 区 [BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY 生物工程与应用微生物 3 区] EI 收录

  • Jinshui Zheng, Donghai Peng, Ling Chen, Hualin Liu, Feng Chen, Mengci Xu, Shouyong Ju, Lifang Ruan and Ming Sun. (2016). The Ditylenchus destructor genome provides new insights into the evolution of plant parasitic nematodes. PROCEEDINGS OF THE ROYAL SOCIETY B-BIOLOGICAL SCIENCES,283(1835), 20160942. doi: 10.1098/rspb.2016.0942 (Published: 27 July 2016) IF2022: 5.530, 中科院大类 - 生物 - 2 区 TOP [EVOLUTIONARY BIOLOGY 进化生物学 2 区,ECOLOGY 生态学 2 区,BIOLOGY 生物学 2 区]

预印本:

  • Hualin Liu*, Bingyue Xin*, Jinshui Zheng, Hao Zhong, Yun Yu, Donghai Peng, Ming Sun. Build a Bioinformatic Analysis Platform and Apply it to Routine Analysis of Microbial Genomics and Comparative Genomics, 24 April 2022, PROTOCOL (Version 6) available at Protocol Exchange https://doi.org/10.21203/rs.2.21224/v6

谷歌学术

引用次数
总计2017 年至今
引用212209
h 指数88
i10 指数77

主持项目

  • 暂无

参与项目

  • 南方海洋科学与工程广东省实验室(珠海)2021 年度自主科研项目,神狐陆坡峡谷群复杂地形条件下沉积动力过程及生态环境响应,2021-10-11 至 2024-09-30,100 万,在研,参与
  • 国家自然科学基金委员会,面上项目,31770003, 苏云金芽胞杆菌 H - 血清型决定的遗传基础研究,2018-01-01 至 2021-12-31, 64 万元,在研,参与
  • 国家自然科学基金委员会,青年科学基金项目,31500003, 基于基因组的苏云金芽胞杆菌资源的多样性研究,2016-01-01 至 2018-12-31, 18 万元,结题,参与

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