2021-11-26 R语言绘制分组条形图 R语言SY179绘图 可视化 当我们要对一个多行多列的数据进行可视化的时候,分组条形图是一种不错的选择。 输入文件样式本例中数据内容如下图所示,将其保存在名为CAZy.Category.Matrix.txt的文件中。 绘图代码在Rstudio中运行如下代码,细节可根据
2021-11-25 利用NCycDB数据库从宏基因组中预测氮循环基因 Functional genomicsSY179宏基因组生信软件 生物信息 氮(N)循环是地球生态系统中重要的生物地球化学途径的集合,在生态学和环境研究中得到了广泛的关注。目前,鸟枪法宏基因组测序Shotgun metagenome sequencing已被广泛应用于探索负责 N 循环过程的基因家族。NCycDB是
2021-10-14 SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白 Functional genomicsSY179WGS生信软件 生物信息 Subtitle: Predict Secretory Protein in microbes with SignalP and TMHMM 分泌蛋白Secretory Protein是指在细胞内合成后,分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白
2021-10-13 使用EffectiveT3预测微生物中的III型分泌系统效应蛋白 Functional genomicsSY179T3SSWGS生信软件 生物信息 III 型分泌系统 (Type III secretion system,T3SS) 主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径,T3SS效应蛋白 (Type III secretion system Effector protei
2021-09-30 CAZy碳水化合物活性酶预测 CAZyFunctional genomicsSY179 生物信息 CAZy数据库简介CAZy 全称为Carbohydrate-Active enZYmes Database,碳水化合物酶相关的专业数据库,内容包括能催化碳水化合物降解、修饰、以及生物合成的相关酶系家族。其包含五个主要分类:糖苷水解酶(Gly
2021-09-29 构建样本vs基因矩阵 SY179perl编程 生物信息 承接上一篇文章Swissprot数据库的本地化与序列比对。 应用场景分别预测了多个样本/基因组中某些基因的存在与否即数量,需要将这些样本/基因组中的基因数量情况合并在一起构建矩阵,此时,手动是非常困难和无趣的。又该请出P
2021-09-28 Swissprot数据库的本地化与序列比对并与其他数据库快速mapping Functional genomicsSY179生信软件 生物信息 数据库下载与构建下载1wget https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta
2021-09-27 扩增子系之绘制物种分类堆叠图 R语言SY179扩增子 可视化 为何要手绘堆叠图?QIIME2虽然可以生成堆叠图,然而图片只能在网页上查看,无法下载。此外,QIIME2的图有几分丑,且不可个性化修改,因此,手绘最靠谱。手绘当然不是用手画,而是用手敲代码。 输入文件 各级别的物种分布文件,可以直接从QII
2021-09-15 扩增子可视化专题 R语言SY179扩增子 可视化 扩增子分析较常用的软件是QIIME2,然而其生成的图并不美观,且无法下载,是不可能够达到发表要求的,因此需要我们通过其他方法将QIIME2生成的数据结果进行可视化。本文将记录相关的分析方法和示例。 准备数据 特征表(Feature tabl