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2021-12-10 利用GTDB-TK对细菌和古菌基因组进行物种分类 WGS生信软件 生物信息 GTDB-Tk 是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类 GTDBGenome Database Taxonomy GTDB 为细菌和古菌基因组分配客观分类学分类assigning objective taxonomic classifi
2021-12-02 宏病毒组分析流程1-VirSorter2 ST179宏病毒组生信软件 生物信息 安装软件 安装主程序及依赖 :::default VirSorter2 (version >=2.2.3) CheckV (version >=0.7.0) DRAMv (version >=
2021-11-25 利用NCycDB数据库从宏基因组中预测氮循环基因 Functional genomicsSY179宏基因组生信软件 生物信息 氮(N)循环是地球生态系统中重要的生物地球化学途径的集合,在生态学和环境研究中得到了广泛的关注。目前,鸟枪法宏基因组测序Shotgun metagenome sequencing已被广泛应用于探索负责 N 循环过程的基因家族。NCycDB是
2021-11-12 NCBI上传基因簇之tbl2asn的使用 NCBI序列处理生信软件 生物信息 向NCBI提交基因簇的时候需要提供sqn格式的文件,这个文件需要通过tbl2asn生成。 文件准备tbl2asn依赖三个文件来生成sqn文件: 文件1:fasta格式的基因组序列文件 Header处的中括号部分可以不写。 1234567
2021-10-14 SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白 Functional genomicsSY179WGS生信软件 生物信息 Subtitle: Predict Secretory Protein in microbes with SignalP and TMHMM 分泌蛋白Secretory Protein是指在细胞内合成后,分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白
2021-10-13 使用EffectiveT3预测微生物中的III型分泌系统效应蛋白 Functional genomicsSY179T3SSWGS生信软件 生物信息 III 型分泌系统 (Type III secretion system,T3SS) 主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径,T3SS效应蛋白 (Type III secretion system Effector protei
2021-10-08 原核生物基因岛预测 Functional genomicsWGS基因岛生信软件 生物信息 软件 (Software needed) IslandPath-DIMOB BioPerl 安装 (Installation)12conda install islandpathconda install perl-bioperl 输入
2021-09-28 Swissprot数据库的本地化与序列比对并与其他数据库快速mapping Functional genomicsSY179生信软件 生物信息 数据库下载与构建下载1wget https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta
2019-04-28 PGCGAP中文说明 PGCGAPWGS比较基因组学生信软件 生物信息 为了方便广大中文用户学习PGCGAP的使用,特意书写该中文文档,但中文文档更新较慢,强烈建议大家阅读英文文档!