2024-08-28 NCBI上传基因簇之table2asn的使用 NCBI序列处理生信软件 生物信息 向NCBI提交基因簇的时候需要提供sqn格式的文件,之前我在文章《NCBI上传基因簇之tbl2asn的使用》中介绍过如何使用tbl2asn生成sqn文件,遗憾的是tbl2asn官方已经不再提供软件下载了,提供的新工具为table2asn,本
2022-07-10 多种方法批量下载NCBI基因组 NCBI下载 生物信息 下载有summary的基因组 在NCBI基因组数据库搜索物种 下载元数据 获取下载链接打开下载的元数据文件prokaryotes.csv(该文件也可以直接去NCBI FTP中下载,一般在各物种的目录下,名字为assembly_sum
2021-11-12 NCBI上传基因簇之tbl2asn的使用 NCBI序列处理生信软件 生物信息 向NCBI提交基因簇的时候需要提供sqn格式的文件,这个文件需要通过tbl2asn生成。 文件准备tbl2asn依赖三个文件来生成sqn文件: 文件1:fasta格式的基因组序列文件 Header处的中括号部分可以不写。 1234567
2021-09-28 根据assession number批量从NCB下载数据 CAZyNCBI下载 生物信息 有时候我们手里会得到一些NCBI的assession number,且数量比较多,而我们真正需要的是序列,这时候手动挨个搜索和下载是不太现实的,除非是你闲得无事可做。其实有一个网页是可以批量下载序列的,即https://www.ncbi.n