kSNP3可以利用reads、draft genomes或complete genomes寻找SNPs，并构建进化树。操作比较简单，小白比较容易上手。
1. kSNP3 安装
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| cd ~/tools
wget https://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_package.zip
unzip kSNP3.1_Linux_package.zip
vim ~/.bashrc
i
export PATH=$PATH:$HOME/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3
ESC
shift + ：
wq!
source ~/.bashrc
|
编辑主程序kSNP3的第8行：
将 set kSNP=/usr/local/kSNP3
改为：set kSNP=/home/lhl/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3
注：根据自己的路径进行修改
2. 基本用法
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MakeKSNP3infile 988_ksnp inlist A
MakeFasta inlist fastainput_988
Kchooser fastainput_988
kSNP3 -in inlist -outdir SNPs_20181214 -k 23 -ML -NJ -vcf -CPU 30 -core -min_frac 0.5 |tee Log_988_20181214.txt
|
